Abogado, educador y filósofo, Ezequiel A. Chávez nació en Aguascalientes, Ags., el 19 de septiembre de 1868. Cursó la educación primaria en su propia casa, primero en Aguascalientes y después en la ciudad de México. Los continuó en el Instituto Anglo-Franco-Mexicano y, posteriormente, en la Escuela Nacional Preparatoria.

Pasó después a la Escuela Nacional de Jurisprudencia, y recibió su título de abogado en 1891. Siendo todavía estudiante en esta institución inició su carrera magisterial, cumpliendo en ella 55 años de servicios. En 1910 el Consejo de la Universidad Nacional de México le otorgó el grado de doctor Honoris Causa, y el 17 de junio de 1941 le concedió una medalla de oro por sus cincuenta años de magisterio. En 1945 le otorgó el título de profesor emérito.

A los 20 años de edad, en 1888, presentó a Joaquín Baranda, ministro de Justicia e Instrucción Pública, una iniciativa para reorganizar las escuelas primarias, la cual fue aceptada, así como la que tendía a reorganizar la Escuela Nacional Preparatoria, en 1895, e implantaba en ella enseñanzas independientes de psicología y ética. Aprobada su iniciativa en 1896 por la Secretaría, y el plan de estudios propuesto, fue nombrado profesor fundador de las clases de psicología y de moral en dicho plantel.

En 1903 Ezequiel A. Chávez recibió de don Justo Sierra el encargo de hacer los estudios necesarios a fin de fundar la Universidad Nacional, institución que por entonces se estaba proyectando. A tal efecto estudió la organización de las universidades de California (en Berkeley) y de Stanford, en los Estados Unidos. Fue él también quien redactó en su parte medular la Ley Constitutiva de la futura Universidad Nacional de México, que como tal quedó fundada en 1910.

Dos años después, en 1905, se creó la Secretaría de Instrucción Pública y Bellas Artes, siendo nombrado subsecretario de la misma al lado de Justo Sierra, quien fue nombrado ministro. Fue por estos años cuando, junto con Franz Boas, fundó la Escuela Internacional de Arqueología y Etnografía, de cuya Junta Directiva fue presidente desde septiembre de 1910 a septiembre de 1914.

En 1911, el maestro Chávez renunció al cargo de subsecretario del Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes a fin de ocupar el puesto de diputado al Congreso de la Unión para el que había sido previamente designado.
Posteriormente se le confiaron otros cargos administrativos: fue director de la Escuela de Altos Estudios del 1º de marzo al 30 de noviembre de 1913, y rector de la Universidad Nacional del 10 de diciembre de 1913 al 2 de septiembre de 1914. No obstante, los desórdenes de la guerra civil terminaron por afectarlo. Estuvo a punto de ser fusilado y sus enemigos políticos lograron que fuera destituido de todas sus clases, por lo que tuvo que abandonar el país en medio de gran pobreza para buscar trabajo en los Estados Unidos. Fue hasta el triunfo constitucionalista de 1917 cuando, gracias a la intervención de algunos de sus antiguos discípulos, logró regresar a México.

Entre 1918 y 1924 ocupó diversas cátedras en la Universidad y fue alternativamente Director de la Preparatoria, de la Escuela de Altos Estudios (del 10 de julio al 22 de noviembre de 1921 y del 19 de diciembre de 1921 al 27 de agosto de 1923), y finalmente rector de la Universidad (del 28 de agosto de 1923 al 8 de diciembre de 1924).
Don Ezequiel A. Chávez recibió numerosos honores tanto de instituciones nacionales como del extranjero, así como condecoraciones de otros gobiernos; entre estas últimas la de ser reconocido como Oficial de Instrucción Pública de la República Francesa, Caballero de la Legión de Honor, Comendador de la Orden del Rey Leopoldo II de Bélgica y distinguido con la Medalla de Oro de la Universidad de Viena.

Escribió numerosos artículos, conferencias, proyectos de leyes y discursos que publicó en folletos y revistas, además de sus principales obras. El 15 de mayo de 1943 fue distinguido con un importante reconocimiento, al tomar posesión como Miembro Fundador de El Colegio Nacional, creado poco antes por decreto del presidente Manuel Ávila Camacho. Su libro ¿De dónde venimos y a donde vamos? fue el último que escribió. Este libro se imprimió en 1946 con el sello de El Colegio Nacional. Don Ezequiel tuvo oportunidad de ver algunos de los ejemplares unos cuantos días antes de su muerte, ocurrida el 2 de diciembre de 1946.