Nació en la ciudad de Monterrey, N. L., el 1º de noviembre de 1912. Después de realizar sus estudios preuniversitarios en su ciudad natal, cursó la carrera de medicina en la UNAM. Fue becario de la Mayo Foundation for Medical Education and Research durante el año de 1942, y se especializó en las secciones de Gastroenterología y Medicina Experimental de la Mayo Clinic, en Rochester, Minn., EUA.

Durante muchos años fue profesor en la Facultad de Medicina de la UNAM. Fue médico interno en el Hospital General (1935-1946), jefe del Departamento de Gastroenterología del Hospital de Enfermedades de la Nutrición (1946-1962) y jefe de la División de Estudios Superiores de la Facultad de Medicina de la UNAM (1958-1967).
Asimismo, fue miembro de la Junta de Gobierno de la UNAM (1964-1966), y uno de los fundadores del Instituto Nacional de la Nutrición, así como del Centro Médico Nacional del Seguro Social. Fue coordinador del Centro de Estudios sobre Amibiasis y Secretario del Consejo de Salubridad General desde 1977 hasta su muerte.

A lo largo de su vida recibió numerosos honores y reconocimientos: fue nombrado presidente de la Academia Nacional de Medicina (1957-1958), de la Asociación Médica Franco-Mexicana (1959-1961) y de la Asociación Mexicana de Gastroenterología (1960-1961), Mastership del American of Physicians (1971), profesor emérito de la Facultad de Medicina, Doctor Honoris Causa por la Universidad Autónoma de Nuevo León (1982), presidente ordinario de la Organización Mundial de Gastroenterología (1982), Premio Nacional de Ciencias (1982), y vocal del Consejo Directivo del Sistema Nacional de Investigadores (1984).

Fue reconocido internacionalmente como un notable gastroenterólogo, e impartió conferencias en muchas universidades y centros hospitalarios de varios países. Dejó una amplia bibliografía y artículos científicos, entre los que sobresalen los que fueron resultado de sus investigaciones sobre la amibiasis.

El Dr. Sepúlveda ingresó a El Colegio Nacional el 24 de octubre de 1975. Su discurso inaugural, “Conquistas y problemas de la medicina contemporánea”, fue contestado por el Dr. Ignacio Chávez.

El Dr. Bernardo Sepúlveda Gutiérrez murió el 17 de marzo de 1985 en la ciudad de México.