Nació en la ciudad de México el 15 de julio de 1940. Obtuvo el título de biólogo en la Facultad de Ciencias de la UNAM, el de maestro en ciencias en el Colegio de Posgraduados de Chapingo, y el de doctor en la Universidad de Gales, en la Gran Bretaña. Su trabajo se ha enfocado a la demografía y ecología de poblaciones de plantas, a la demografía comparativa de árboles, a estudios de ciclos biogeoquímicos en selvas tropicales, a estudios sobre la biodiversidad de México y a problemas ambientales globales y de desarrollo sustentable, así como a la educación superior y su relación con el desarrollo científico.

Durante los últimos años ha sido investigador, primero del Instituto de Biología de la UNAM, del que también fue director entre 1979 y 1986, y desde 1986 del Instituto de Ecología, del cual es fundador. Además de sus labores de investigación, que sin duda han hecho que Sarukhán sea considerado como uno de los ecólogos latinoamericanos con mayor reconocimiento académico, ha planeado e integrado el grupo de ecología del Instituto de Biología, que cuenta con el primer proyecto de posgrado de la especialidad en el país. En 1992 fundó, con el apoyo gubernamental, la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio), de la cual funge, de forma honoraria, como Coordinador Nacional por designación presidencial desde su inicio.

Asesor y presidente de numerosos organismos nacionales e internacionales, ha recibido distinciones de las sociedades botánicas de los Estados Unidos y de México, además del Premio Nacional Forestal (1979), y el Premio de la Academia de la Investigación Científica (1985), de la que también fue presidente. Durante el desempeño de este puesto jugó un importante papel en la creación e instauración del Sistema Nacional de Investigadores. El doctor Sarukhán obtuvo también el Premio Nacional de Ciencias y Artes en el área de Ciencias Físico-matemáticas y Naturales (1990).

Ha sido coordinador de la Investigación Científica de la UNAM (1986-1988) y rector de nuestra máxima casa de estudios por dos periodos. Asimismo, es miembro de la U.S. National Academy of Sciences (1993) y de la Royal Society of London (2003), y ha recibido seis doctorados honoríficos de universidades de México y de otros países. En el año 2000 fue nombrado comisionado para el Desarrollo Social y Humano en el gabinete presidencial entrante, puesto al que renunció en febrero de 2002. En 2014 fue electo Presidente del Consejo Nacional para Participación Social en la Educación (CONAPASE).

En 2006 la Universidad Nacional Autónoma de México lo distinguió con el nombramiento de Investigador Emérito; en 2007, El Colegio de México le otorgó el premio Semina Motum por la trascendencia de sus estudios ecológicos; en 2008 fue galardonado con la Medalla John C. Phillips, el más alto reconocimiento otorgado por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza y los Recursos Naturales; en 2009 la Facultad de Ciencias de la Universidad de Chiba le otorgó el Premio a la Mejor Conferencia del Año (Science Lectureship Award); en 2011 la Cámara de Diputados le otorgó la Medalla al Mérito Cívico “Eduardo Neri, Legisladores de 1913”, por sus aportaciones científicas en beneficio de la nación; en 2012 fue nombrado Miembro titular de la Academia Mexicana de Ciencias, y la Universidad Juárez Autónoma de Tabasco le otorgó el “Premio Nacional Malinalli 2012”.

Ha publicado cerca de 190 artículos de investigación, la mayoría de ellos en revistas internacionales, y es articulista en la página editorial del diario El Universal. Entre sus principales contribuciones está su estudio pionero sobre la dinámica del proceso de sucesión secundaria en zonas tropicales del mundo; un estudio sucesional de un área talada en Tuxtepec, Oaxaca, que sienta las bases para el entendimiento de las primeras fases de recuperación de las zonas taladas en regiones tropicales dedicadas a la agricultura trashumante; realiza investigaciones sobre la sinecología de las selvas de terminalia amazónica en la vertiente del Golfo de México; investiga la demografía de malezas de pastizales en el norte de Gales y hace aportaciones consideradas clásicas en la literatura sobre ecología de poblaciones.

El doctor José Sarukhán Kérmez ingresó a El Colegio Nacional el 26 de junio de 1987. Su conferencia inaugural, “Las dimensiones biológicas: el tiempo ecológico y el evolutivo”, fue contestada por el doctor Adolfo Martínez Palomo.