El ingeniero y geólogo Ezequiel Ordóñez Aguilar nació en la hacienda de San Nicolás Peralta, cerca de Lerma, Estado de México, el 10 de abril de 1867.

Huérfano de padre a los seis años, su familia se trasladó a San Miguel Regla y, poco después, a Pachuca, Hgo., en donde realizó sus primeros estudios. Su educación secundaria la hizo en una escuela particular, de la que obtuvo el certificado a fines de 1880, y en 1881 ingresó a la Escuela Nacional Preparatoria de la ciudad de México, cuando era su director el naturalista Alfonso L. Herrera. En 1886 pasó a la Escuela Nacional de Ingenieros para cursar la carrera de Ensayador y Apartador de Metales, que consistía de un año. En mayo de 1887 fue nombrado conservador del Gabinete de Conocimiento de Materiales de Construcción y, dos meses después, conservador encargado del Gabinete de Mineralogía y Paleontología, cuyas responsabilidades, además del equipo del gabinete, incluían la ayuda al profesor en sus clases.

En 1888 se inscribió como alumno de la carrera de ingeniero topógrafo, pero no la cursó de manera regular. Debido a su preparación en mineralogía y geología se le responsabilizó primero de las prácticas de geología y luego, en mayo de 1890, de la cátedra de Mineralogía, Geología y Paleontología, si bien de manera interina. Al mismo tiempo se inició su participación en las asociaciones científicas, ingresando a la Sociedad Científica “Antonio Alzate” el 25 de mayo de 1890, cuyas memorias darían cabida a varios de sus trabajos.

Durante 1892 Ordóñez reafirmó su interés por la vida académica al ingresar como socio de número de la Sociedad Mexicana de Historia Natural y, al año siguiente, con su incorporación a la Société Géologique de France. Durante 1892 se dedicó a sus trabajos en el Instituto Geológico de México (al que había ingresado como geólogo, petrógrafo y paisajista el 15 de abril de 1891) y continuó sus estudios, hasta lograr el grado de ingeniero topógrafo e hidrógrafo el 23 de mayo de 1893, aunque su primera contribución académica fue escrita cuando contaba apenas veintidós años, en 1889: ”Los hierros meteóricos de México: cristales meteóricos”, y marca el inicio de su larga producción científica.

Al asumir José G. Aguilera el cargo de director del Instituto Geológico se apoyó ampliamente en Ordóñez. Fue por su influencia que se nombró a Ordóñez subdirector del Instituto el 2 de julio de 1897. Tanto José G. Aguilera como E. Ordóñez representaron oficialmente al gobierno de México en la VII Sesión de Rusia en 1897 y en la VIII de Francia en 1900. Fue en el transcurso de la primera cuando Ordóñez tuvo el primer acercamiento con la industria petrolera al visitar el gran campo de Bakú a orillas del Mar Caspio. A partir de entonces, y debido en parte a sus trabajos en el instituto y a las ligas que derivadas de dichos trabajos llegó a trabar con el petrolero inglés Edward L. Doheny, la carrera de Ezequiel Ordóñez quedó estrechamente asociada a la historia del petróleo en México.

Su cada vez mayor acercamiento a los negocios de explotación petrolera de Doheny le otorgaron un papel clave en el éxito del empresario al indicarle con exactitud dónde perforar en busca de petróleo. Sus logros como perito en este campo culminaron el 10 de febrero de 1916, cuando se descubrió una de las mayores concentraciones de petróleo en la Huasteca, el campo de Cerro Azul, cuyo pozo No. 4 es considerado un logro compartido de Ezequiel Ordóñez a la prospección petrolera. Hoy en día se le considera el creador de la geología petrolera mexicana.

Posteriormente fue geólogo consultor de la Pan-American Petroleum Co. (1927-1930) y, más tarde, vicepresidente de la misma. Al crearse Petróleos Mexicanos, acudió a su servicio como geólogo consultor. De su época como geólogo petrolero sobresalen estas obras: The oil fields in Mexico, El petróleo en México, bosquejo histórico, Principal physiographic provinces of Mexico y El volcán de Paricutín. Escritor fecundísimo, su bibliografía pasa de 129 títulos.

Fue miembro honorario de la American Institute of Mining and Metallurgical Engineers, de la American Association of Petrolum Geologist y de la American Academy of Arts and Sciences, en los Estados Unidos; profesor honorario del Institute of Latin American Studies, de la Universidad de Texas; director honorario del Instituto de Geología de México y vocal geólogo de la Comisión Impulsora y Coordinadora de la Investigación Científica.

El ingeniero Ezequiel Ordóñez tomó posesión como Miembro Fundador de El Colegio Nacional el 15 de mayo de 1943. Murió en la ciudad de México el 8 de febrero de 1950, a los 82 años.